Luonnonsuojelulaki mahdollistaa luonnonsuojelulain mukaisen suojeluohjelman
teon. Lisäksi luonnonsuojelulakiin ja -asetukseen on kirjattu
erityisiä lajeja ja luontotyyppejä, joita voidaan suojella rajaamalla
niiden esiintymiä talousmetsiin sitä mukaa kun niitä kartoituksissa
löytyy.
Häviämisvaarassa olevista uhanalaisista lajeista 485 on luonnonsuojeluasetuksella
määrätty erityisesti suojeltavaksi. Lisäksi on määritelty 32 direktiivilajia,
joiden havaittavien lisääntymis- ja levähdyspaikkojen hävittäminen
ja heikentäminen on kielletty.
Luonnonsuojelulaki on ollut voimassa jo vuodesta 1996, mutta
ympäristökeskukset ovat rajanneet vasta hyvin vähän uhanalaisten
esiintymiä. Luonnonsuojelulailla suojeltujen lajien käytännön
suojelutyötä vaikeuttaa suuresti kartoitusten ja resurssien puute.
Edes valtionmailla, jotka on käyty jollakin tarkkuudella läpi
alue-ekologisen suunnittelun yhteydessä, ei uhanalaisia lajeja
ole kunnolla kartoitettu kuin erikoistapauksissa.
Luonnonsuojelulain tuoma suojeluvastuu kohdistuu käytännössä
vain erityisesti suojeltaviin lajeihin. Vähemmän uhanalaiset ja
alueellisesti uhanalaiset lajit jäävät kokonaan virallisten suojelutoimien
ulkopuolelle. Näin esimerkiksi kuukkelin levinneisyysalueen
supistuminen ja linnun hävittäminen suurilta alueilta Etelä-Suomesta
on sallittua. Vähemmän uhanalaiset ja alueellisesti uhanalaiset
lajit saattavat kuitenkin olla paljon erityisesti suojeltavia
lajeja luotettavampi elinympäristöjen muutosten indikaattori,
sillä erityisesti suojeltavat lajit ovat niin harvinaisia, että
niiden kannat ovat suojelutoimista huolimatta alttiita häviämään
satunnaisten tekijöiden kuten tautien vuoksi. Lajien suojelu
on myös paljon tehokkaampaa, kun toimitaan niiden kantojen ollessa
vielä elinvoimaisia ja suhteellisen laajalle levinneitä. Hyvin
harvinaisten lajien menestyksellinen suojelu on paitsi epävarmaa
usein erittäin kallista. Suomessa esimerkiksi kotkien suojelu
on vaatinut kymmenien ihmisten työpanoksen.
Luonnonsuojelulain 29 § luettelee myös yhdeksän suojeltavaa luontotyyppiä,
joista metsäisiä ovat 1) luontaisesti syntyneet, merkittäviltä
osin jaloista lehtipuista koostuvat metsiköt, 2) pähkinäpensaslehdot,
3) tervaleppäkorvet ja 4) lehdesniityt. Luonnonsuojelulain mukaisia
luontotyyppikohteita ei saa muuttaa niin, että niiden ominaispiirteiden
säilyminen vaarantuu.
Luonnonsuojelulain luontotyyppinä rajattavien metsäisten kohteiden
pinta-ala jäänee alle 2 000 hehtaarin. Kohteet ovat harvinaisia,
ja luonnonsuojelulain luontotyyppirajaukset suojelevat usein vain
osan arvokkaista alueista. Vuosina 1998–2000 inventoitiin noin
1 100 potentiaalista luonnonsuojelulain luontotyyppikohdetta.
Rajauspäätöksiä oli 1.12.2002 tehty 201 kappaletta ja yhteensä
noin 322 hehtaaria.